早上起来晚了，被领导训斥不说，还莫名其妙的收到一个诺基亚手机。电话响起，被告知警察找他，尼欧知道自己的事有些是犯法的，于是在手机中声音的引领下，躲避着警察或黑衣人。在大楼的窗户外手机的坠落让尼欧放弃了逃跑，自愿被黑衣人带走。崔尼蒂就在眼前，而黑衣人却视而不见。
审讯室内尼欧被虐了，可醒来时却像是一个梦。
电话响了，尼欧听到那个熟悉的声音，短短几句话打动尼欧，并留下地址，“亚当街桥下。”
一辆黑车在桥下等待，上车的尼欧被一辆车指着，肚脐上放上一个枪形装置，一个奇怪的虫子从肚脐中吸出。
大楼内房间里，身着长款黑色皮衣，光头，显得刚毅的黑人墨菲斯给了尼欧两个选择:蓝色药丸故事结束，红色药丸带你去看真实的世界。
尼欧在犹豫间选择了红色药丸，在尼欧的眼前空间开始扭曲，精神恍惚，感觉到自己被物质完全吞没。这个世界不在有尼欧了。
光头****的尼欧醒来时在一个卵里，身上和脑袋里插着插头，机械甲壳虫在捕获尼欧后，尼欧身上的插头全部崩开，他顺着一个罐子滑了下去。
墨菲斯的飞船找到了尼欧。在崔尼蒂的照顾下尼欧迅速的恢复。尼欧无法分清这里是不是真实的。
在尼欧恢复后，墨菲斯带着尼欧坐在一个机器上，脑后插了一个插头。尼欧看到了又一个世界。墨菲斯说这只是个训练的空间。
很快尼欧在船员的帮助下在大脑中加载了各种武术，在和墨菲斯的对战中虽有不敌，但也很快掌握了技巧。
叛徒的出现，是船员们不知道的。
尼欧没有得到先知的认可，在返回时大家被叛徒出卖，墨菲斯被捕，崔尼蒂和尼欧险险的回到船上。叛徒被受伤的船员打死。在大家陷入低谷时，尼欧决定去营救墨菲斯。
身着黑色风衣，的尼欧和崔尼蒂携带多种武器勇闯关押墨菲斯的大楼。在连番厮杀后，他们做成功了别人不敢做的事，他们带着受伤的墨菲斯离开。天台上尼欧看到了子弹的路线，以非常优雅的姿势躲过了子弹。
三人的逃脱虽然是成功的，但在墨菲斯和崔尼蒂离开后，尼欧被乱枪射死。
崔尼蒂不舍尼欧，在一遍遍的呼唤他。神奇的事情出现，救世主尼欧重生。
王矿山正精力投入的看着电影，电影却在此时结束了。
践行:知行合一
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